La Universidad Nacional del Este, fue creada por Ley N° 250, de fecha 22 de octubre de 1993; de esta manera se hacía realidad el sueño de los jóvenes altoparanaenses que deseaban con ansias contar con una universidad pública en la zona de las Tres Fronteras que les ofrezca la posibilidad de seguir sus estudios superiores sin la necesidad de abandonar sus hogares y de esta manera evitar el éxodo.

Así se dio la creación legal de la Universidad Nacional del Este, pero faltaba lo más importante, llevar a los hechos lo que disponía esta Ley, y para el efecto se conformó una Comisión Coordinadora integrada por: Dr. Gilberto Ruíz Carvallo, por la Facultad de Ciencias Económicas (coordinador); Ing. Gerónimo Laviosa, por la Facultad de Ingeniería Agronómica; Lic. Genaro Bogado Román, por la Facultad de Filosofía y Lic. Daniel Brítez, por la Facultad Politécnica (miembros), para llevar adelante la conformación de los Cuerpos Directivos de la Universidad Nacional del Este.

La comisión coordinadora fue asistida por asesores jurídicos, académicos y administrativos y la colaboración especial del Prof. Dr. Luis H. Berganza, Rector de la UNA y Presidente del Consejo de Universidades.

La base sobre la que se asentó la nueva universidad, de acuerdo al proyecto de creación, constituyeron las cuatro filiales de la UNA existentes en el Departamento, de la Facultad de Ciencias Agrarias, de la Facultad de Ciencias Económicas, de la Facultad de Filosofía y de la Facultad Politécnica. En primer lugar se eligieron a los representantes de los estamentos para conformar los Consejos Directivos de las cuatro Facultades; una vez conformados los Consejos Directivos, los mismos eligieron a los respectivos Decanos y Vice-Decanos; luego se completó la elección de los asambleístas de los distintos estamentos de las cuatro Facultades, para desembocar finalmente el proceso, que duró nueve meses, en la primera Asamblea Universitaria.

Elección del primer Rector y del primer Vicerrector de la UNE

Luego de conformarse los cuerpos directivos de las unidades académicas, en fecha 23 de julio de 1994, se constituyó Asamblea Universitaria de la UNE, por primera vez, para elegir al primer Rector y al primer Vicerrector de la Universidad Nacional del Este. La gran responsabilidad de dar andamiaje a la naciente institución recayó en la persona del Dr. Gilberto Ruíz Carvallo como Rector y en la del Ing. Luis Alberto Cadogan Ávalos como Vicerrector de la Universidad Nacional del Este, para el periodo 1994 – 1999.

Los electos han presentado una plataforma de trabajo muy ambiciosa, con el compromiso de dar vida a una institución que debía superar numerosas dificultades para su consolidación, teniendo en cuenta que en ese entonces la UNE no figuraba en el presupuesto general de gastos de la nación, y además la institución había nacido para satisfacer la demanda de los jóvenes altoparanaenses egresados de la secundaria, ofreciéndoles carreras universitarias en su propia tierra.

Cumplido el mandato de las autoridades electas el 23 de julio de 1994, la Asamblea Universitaria se reúne para elegir por segunda vez a las autoridades que regirán su destina por 5 años más, en fecha 8 de julio del año 2000, se reunió para tratar el siguiente orden del día.

Elección de Rector y de Vicerrector de la Universidad Nacional del Este, periodo 2000-2005

Siendo proclamado como Rector de la Universidad Nacional del Este, periodo 2000-2005 al Prof. Dr. Gilberto Ruíz Carvallo, y como Vicerrector al Lic. Víctor Alfredo Brítez Chamorro, realizándose la posesión de cargo en fecha 1 de agosto de 2000.

Consejo Superior Universitario

El Consejo Superior Universitario de la UNE se reunió por primera vez en fecha 22 de junio del año 1994, en el local de la Facultad de Filosofía; en aquel entonces estuvo compuesto por los Encargados de los Decanatos electos de las unidades académicas, Ing. Gerónimo Laviosa, de la Facultad de Ingeniería Agronómica, Dr. Gilberto Ruíz Carvallo, de la Facultad de Ciencias Económicas, Lic. Genaro Bogado Román, de la Facultad de Filosofía y Lic. Oscar Daniel Brítez, de la Facultad Politécnica; por los representantes docentes, Ing. Federico Godoy, Econ. Gloria de Ruíz Díaz, Lic. Reinaldo Sánchez, Ing. Luis Alberto Cadogan Ávalos; por el representante de los egresados no docentes Perito Eligio Francisco Acuña y por los representantes estudiantiles Osvaldo Caballero y Adolfo Monges. Fue electo Presidente el Dr. Gilberto Ruíz Carvallo.

Posteriormente fueron sucediéndose los miembros representantes de los distintos estamentos, de las distintas unidades académicas, a medida que eran electos por sus pares en asambleas democráticas, hasta que al mes de julio del año 2001, el Consejo Superior Universitario está integrado por: Presidente: Dr. Gilberto Ruíz Carvallo, Secretaria Q.F. Rosa Medina; Vicerrector: Lic. Víctor Alfredo Brítez; Decanos: Ing. Gerónimo Laviosa,  Lic. Gustavo Paniagua, Lic. Leonardo Figueredo, Lic. Oscar Daniel Brítez, Abog. Arnaldo González, Dr. Francisco Duarte Sanabria; Representantes Docentes: Ing. Eugenio Odilón Ríos, Econ. Andrés Laconich, Lic. Juan Reinaldo Sánchez, Ing. Eustaquio Martínez, Abog. Higinio Pitta; Representante no Docente: Lic. Rubén Rojas; Representantes Estudiantiles: Univ. José María Portillo, Univ. Pablo Colmán y Univ. Alberto Gómez Alano.

Desde el 22/06/1994 hasta el 07/11/2001, se realizaron un total de 206 sesiones, de los cuales 177 fueron ordinarias y 29 extraordinarias. Cabe señalar que se realizaron todas las sesiones convocadas, sin haberse suspendido ninguna por falta de quórum.

El Consejo Superior Universitario de la UNE, para su mejor organización cuenta con un Reglamento de Sesiones, y para el mejor tratamiento y análisis de los temas  que llegan a su instancia, tiene constituido Comisiones Asesoras Permanentes que dictaminan en cada caso; ellas son: Comisión de Asuntos Legales y Reglamentarios, Comisión de Asuntos Académicos, Comisión de Asuntos Administrativos y Financieros, Comisión de Asuntos Estudiantiles y Comisión de Asuntos Honoríficos.

Entre los principales reglamentos aprobados por el Consejo Superior Universitario se encuentran: Reglamento Interno de las Facultades de: Ingeniería Agronómica, Politécnica, Ciencias Económicas, Filosofía, Derecho y Ciencias Sociales, Ciencias de la Salud y el de la Escuela Superior de Educación de Salto del Guairá.

Posteriormente, el Consejo Superior de la UNE ha aprobado la creación de la Facultad de Derecho y Ciencias Sociales, con la carrera de Derecho; de la Facultad de Ciencias de la Salud, con la carrera de Medicina, y de la Escuela Superior de Educación de Salto del Guairá, con las carreras de Contabilidad y Derecho.

Igualmente ha aprobado la habilitación de las carreras de: Economía, Ingeniería Eléctrica, Ingeniería de Sistemas, Ingeniería Ambiental, Turismo, Ciencias de la Comunicación, Historia, Filosofía, Letras y Matemáticas, que son terminales, y las carreras intermedias de: Técnico Superior en Electricidad, Técnico Superior en Turismo y Programador de Computadoras.

También ha elaborado y aprobado el Compendio del Reglamento General de la UNE, que está compuesto por disposiciones que rigen la vida institucional de la Universidad.